Desert Commander, NES platformunda strateji tabanlı bir savaş oyunudur. Oyuncular, düşman ordularına karşı zafer kazanmak için taktiksel hamleler yaparlar. Oyun, bir dizi savaş alanında, genellikle çöl ortamında gerçekleşir ve oyuncuların askeri birliklerini yerleştirme, hareket ettirme ve düşman güçlerle savaşma yeteneklerini test eder.
Her seviye, oyuncuların kontrol ettiği askeri birimlerin bulunduğu bir haritayla başlar. Oyuncular, düşman birliklerini yenmek ve belirli hedeflere ulaşmak için stratejik hamleler yaparlar. Bunlar arasında savunma yapmak, saldırı düzenlemek ve stratejik noktaları ele geçirmek yer alır. Oyun ilerledikçe, düşmanlar daha zorlu hale gelir ve oyuncuların stratejilerini iyileştirmeleri gerekir.
Kontroller oldukça basittir. Oyuncular, haritadaki birimlerini seçmek ve hareket ettirmek için yön tuşlarını kullanır. Savaş sırasında, düşman birimlerine saldırmak veya diğer eylemleri gerçekleştirmek için X tuşunu kullanırlar. Z tuşu genellikle özel yeteneklerin veya ek seçeneklerin etkinleştirilmesi için kullanılır. Bu basit kontroller, oyuncuların stratejilerini hızlı bir şekilde uygulamalarını sağlar.