Yoshi's Cookie, renkli çerezleri eşleştirerek temizlemeye dayalı bir bulmaca oyunudur. Oyuncular, çeşitli şekillerde dizilmiş renkli çerezleri hareket ettirerek yatay veya dikey olarak üç veya daha fazla aynı renkteki çerezi eşleştirmeye çalışırlar. Eşleştirilen çerezler temizlenir ve oyuncular puan kazanır. Amaç, belirli bir sayıda temizleme yaparak veya belirli bir süre içinde mümkün olduğunca yüksek puan elde etmektir.
Oyunun kontrolü oldukça basittir. Oyuncular, çerezleri hareket ettirmek için yön tuşlarını kullanırken, Z tuşuyla çerezleri döndürür ve X tuşuyla seçimlerini onaylarlar. Ayrıca, Start düğmesiyle oyunu duraklatabilir ve Select düğmesiyle menüye dönebilirler. Basit kontroller, oyuncuların hızlı ve hassas hamleler yaparak çerezleri eşleştirmesini sağlar.
Her seviye ilerledikçe, çerezlerin düzeni daha karmaşık hale gelir ve oyuncular daha hızlı düşünmeli ve stratejik olarak hareket etmelidir. Oyunda başarı elde etmek için zamanlama, refleksler ve bulmaca çözme becerileri gereklidir. Bu özellikler, oyuncuların eğlenceli bir bulmaca deneyimi yaşamasını sağlar.