Top Gun: The Second Mission, oyuncuları savaş uçaklarının kokpitine yerleştirir ve çeşitli görevlerde düşman hedeflerini yok etmelerini sağlar. Oyuncular, farklı türde düşman uçaklarını ve savunma sistemlerini yenerek ilerlemek zorundadır. Görevler genellikle düşman üslerini, gemilerini ve uçaksavarlarını yok etme üzerine kuruludur.
Oyun, oyunculara farklı görevlerde çeşitli savaş uçakları sunar ve her biri farklı özelliklere sahiptir. Oyuncular, görevler arasında seçim yapabilir ve her biri belirli bir zorluk seviyesine sahip olan görevleri tamamlamaya çalışır. Hava muharebesi becerilerini kullanarak düşmanları etkisiz hale getirmeli ve görevleri başarıyla tamamlamalıdırlar.
Kontrol tuşları oldukça basittir. Oyuncular, uçağın hareketini kontrol etmek için yön tuşlarını kullanırken, ateş etmek için Z tuşunu kullanırlar. X tuşu genellikle özel silahları etkinleştirmek veya ekstra manevralar yapmak için kullanılır. Oyuncular, hava muharebesi becerilerini test ederken heyecan verici bir savaş deneyimi yaşarlar.